Ärzte ermitteln Ihren Gewinn im Gegensatz zu Kaufleuten nicht durch Bilanzierung, sondern durch Gegenüberstellung von Einnahmen und Ausgaben. Auch wenn es sich bei der so genannten Einnahmen-Überschuss-Rechnung um eine "vereinfachte" Form der Gewinnermittlung handelt, gibt es Besonderheiten zu beachten.
Gerade im Hinblick auf Investitionen in die Erstausstattung und die technische Erhaltung der Praxis, die erfahrungsgemäß mit einem hohen Finanzierungsaufwand verbunden sind, ist zu klären, wann und wie sich Investitionen steuerlich auswirken, um die Liquidität der Praxis nicht unnötig zu belasten.
Gemeinschaftspraxen stehen darüber hinaus vor der Problematik, durch bestimmte Betätigungen neben der ärztlichen Tätigkeit der Gewerbesteuerpflicht anheim zu fallen. Grundsätzlich gilt der ärztliche Beruf als freier Beruf und ist damit von der Gewerbesteuer ausgenommen. Eine Gewerblichkeit kann aber dann anzunehmen sein, wenn der Arzt neben seiner heilberuflichen Tätigkeit weitere Leistungen anbietet, die nicht die Kerntätigkeit eines Arztes darstellen (z.B. Verfassung von Gutachten, Verkauf von Arzneien, Pflegemitteln, Kontaktlinsen usw.). Denn anders als bei der Abgabe von Impfstoffen oder dem Materialeinkauf, den der Arzt zwangsläufig zur Ausführung seiner Tätigkeit benötigt, dient das entgeltlich abgegebene Mittel allein dem Patienten.
Da der Arzt zum Teil in Konkurrenz zu gewerblichen Apotheken und Sanitätshäusern steht, ist die Gefahr, eine Gewerblichkeit zu begründen und damit mit den gesamten Einkünften unter die Gewerbesteuerpflicht zu fallen, permanent gegegeben. Hier gilt es, vorab die Risiken einzuschätzen und Gegenmaßnahmen zu ergreifen, um nicht auf die gesamten Praxiseinkünfte Gewerbesteuer zahlen zu müssen.
